承包工程合同签定不规范，工程结算计价难以确定。工程预算在审计过程中发现，建设、施工双方承包工程合同签订不规范。在签订合同时不按投标文件的内容逐一填写，尤其是建筑规模和中标价，存在少填或者不填的现象，给工程计价取费留下活口，目的是为了竣工后高报工程结算价格打下伏笔，使得原本十分严肃的合同失去约束作用，建设单位失去了对施工单位工程报价的有效监督，容易造成决算价格偏高。同时，给工程结算造价审核带来难度和风险。
工程预算由于工程建设涉及面广和其本身所具有的复杂性，在其建设过程中，不可避免地发生设计变更、材料设备变更等多种引起工程预算变化的情况。对于采取中标价从签证作为结算方式的工程，更应注意增减费用的审查。应注意设计变更的审查。设计变更单是设计单位在施工中发现需要变更的部位，或是由于建设单位需要改变使用功能、装修标准等而发出的变更通知单。它应是由设计单位、建设单位、施工单位、监理单位协商后共用签署的。审查设计变更时，一要应查验手续是否完备；二要判定该项变更是否引起经济利益上的增减变动，因为有的变更只是技术变更，并不引起经济变更。还要注意查阅竣工图，因为对于工程量增加而引起费用增加的项目。
施工组织设计的工程预算编制依据
(1)计划文件，包括 批准的基本建设计划文件、单位工程项目一览表、分期分批投产的要求、投资指标和设备材料订货指标、建设地点所在地区主管部门的批件、施工单位主管上级下达的施工任务等；
(2)设计文件，包括批准的初步设计或技术设计、设计说明书、总概算或修正总概算、可行性研究报告；
(3)合同文件，即施工单位与建设单位签订的工程承包合同；
(4)建设地区的调查资料，包括气象、地形、地质和其他地区性条件等结算过程其他注意事项结算的工程量以竣工图为准，竣工图不清之处，预算人员要得到工程管理中心的确认或到工地现场进行实地测量；尤其对图纸未标注、规范无特别要求，现场实际施工又提高标准的项目一定要有现场工程师文件确认并符合工程合同要求后才能给予按实结算。
沈阳工程预算大型土石方丁程：总价措施费按(分部分项工程人工费+单价措施项目人工费)×6.66%单独发包的地基处理、边坡支护工程：总价措施费按(分部分项工程人工费+单价措施项目人工费)×8.93%单独发包装改原始签证资料或虚列工程项目。有关单位工作人员在送审计资料时，私自涂改原始签证资料或虚列工程项目，企图蒙混过关 ，达到个人的。因此 ，审计人员必须仔细对照原始签证资料，认真核实每一份复印文件的真伪。增加工程是“猫腻”较多的地方 ，究其原因 ，主要是设计单位设计深度不够，建设单位责任心不强。有些承包商在“低价中标法”中不计成本得到工程后，为了弥补损失，千方百计增加工程签证，在利益诱惑下，某些项目管理者乱签证、补签证现象严重 ，审计人员一旦认真复核，通常会发现签证工程量与实际出入较大。饰工程：总价措施费按(分部分项工程人工费+暂估价中的材料、工程设备暂估单价可参考工程造价信息或市场价格确定。暂估价中的专业工程金额应区分不同专业，按有关计价规定进行估算。编制高投标造价价、投标报价时，暂估价中的材料、工程设备暂估单价应根据招标工程量清单中列出的单价计入综合单价；暂估价中的专业工程金额应根据招标工程量清单中列出的金额填写。