经过处理的种子播种后一般在20天陆续出苗，为培育壮苗，必须加强管理。防止日灼。幼苗刚出时，如遇高温曝晒的天气，嫩芽先端易枯焦或幼苗被压弯，应及时将平铺地面的塑料膜改为小拱棚，并经常观测棚内温度变化，保持棚内温度不超过30c，湿度保持80%以上，当苗木大部分出土，应进行通风炼苗，逐渐撤掉塑膜。
间苗移苗。幼苗长到5―10cm时，要进行间苗定苗。为了培育壮苗，株距保持5cm左右，每亩定苗2―3万株。间苗后的幼苗，可连土移到缺苗的地方，也可移到别的苗床培育，移栽时间以幼苗3―5片真叶时为好。在移栽前2―3天进行灌水，以利挖苗保根，阴天或傍晚移栽可提高成活率。随采随播苗木，于次年春季萌芽后进行间苗定株，使苗距保持在5cm左右。
中耕除草：中耕可疏松土壤，减少蒸发、杂草，防止土壤板结，有利于苗木生长。在苗木生长期内应中耕3―4次，使苗圃地保持土壤疏松无杂草。

播种时间和方法：播种时间以5月中旬播种为宜，播后经过一段时间在土壤中吸水和种内有机物质转化，进入雨季后很快就会出苗。方法是用播种耧将处理好的种子播种或开沟撒播，每亩播7.5～9kg，然后耙平。有条件的地方可以用秸秆覆盖，以利增温保墒。
苗木管理：初出幼苗弱小，杂草旺盛，要顺行间及时拔草。当幼苗长到10cm时做好间苗定苗工作，株距10～15cm，每平方米留苗40～45株，每亩出苗3万株左右。7月初，如遇连阴雨，每亩撒施尿素5kg，以促进幼苗生长，提高苗木质量。科学栽植：在春、夏、冬三季栽植幼苗比较好，春季在花椒芽苞开始萌动时进行；夏季在梅雨季节进行；冬季在立冬前后。
花椒育苗方法：整地做畦。育苗时应选择背风向阳、土层深厚、肥沃、排水良好的沙壤地。亩施厩肥2000～3000千克,深耕细耙,整平后做畦,畦宽1米。 种子处理。花椒种壳坚硬,又有油质、蜡质,水分不宜渗透种子,发芽比较困难,因此要进行脱脂处理。秋播前,将种子放在碱水溶液里浸泡(1千克种子用25克碱面,加水以淹没种子为度),除去秕种,浸泡两天,搓洗掉种皮上的油脂,捞出即可播种。